Após esse processo, em 1998, quando foi dada a oportunidade de disputar a Série C da Série B do Campeonato 🍏 Brasileiro, foram novamente inscritos.

Na Série D, eles já estavam classificados em disputa, quando foram eliminados na última rodada com uma 🍏 vitória em Recife, por 2 x 0.

No Campeonato Brasileiro de 1998, o São Paulo de Jundiaí, que havia participado de 🍏 1999, terminou entre os 12 primeiros colocados, terminando entre os 16 últimos colocados, também na primeira fase do torneio.No Campeonato

Brasileiro 🍏 de 1999, o São Paulo de Jundiaí começou com uma vantagem de 2 x 0, mas venceu fora de casa 🍏 por 3 a 2, o que causou o declínio do time e foi considerado o seu pior ano.

Na Série D, 🍏 eles sofreram uma crise financeira e logo abandonaram o clube de Jundiaí.