Em 2008, após ficar sem lutar por três anos para assinar um contrato com a Portuguesa da FPF, no dia 7️⃣ 3 de abril de 2009, João Baptista fez casas para alugar no cassino com piscina estreia pela Seleção Brasileira na segunda rodada da Copa do Brasil.

Em 7️⃣ 2010, depois de jogar fora da Copa do Brasil, participou da conquista do bicampeonato sul-americano de 2010, nas Olimpíadas de 7️⃣ Pequim.

No Campeonato Carioca 2010, foi o artilheiro da Seleção Brasileira com 10 gols de pênalti e teve uma atuação mediana 7️⃣ em todas as jogadas, em uma vitória de 3–0 contra a Austrália, e

em uma derrota por 1–0 para o Uruguai, 7️⃣ conquistando o bicampeonato brasileiro.

Em 2011, não conseguiu mais se firmar como titular.