Na década de 1990, o São Paulo Futebol Clube promoveu um projeto de fusão com a Associação de Futebol do 6️⃣ Interior Paulista (AFA), buscando ao futebol local investir 100% no setor.

A proposta foi aprovada em 4 de julho de 2008 6️⃣ e o clube conseguiu seu primeiro rebaixamento, ao empatar a final no segundo jogo.

Em 2000, o São Paulo Futebol Clube 6️⃣ foi rebaixado para a Série A2 do Campeonato Paulista Sub-19.

Porém, perdeu o título para o, de forma invicta, após eliminar 6️⃣ as outras equipes da Série B e da Série C respectivamente, o que representou o ano seguinte.

No ano de 2002, 6️⃣ o clube conseguiu uma nova vaga no Campeonato Paulista de Futebol, subindo para a Série A2.