Morales marcou dois gols na Copa América de 1994, contra o River Plate, jogando apenas 25 minutos.

Após a Copa América 4️⃣ de 1994, ele atuou como zagueiro, em uma partida amistosa contra a Irlanda no Estádio Collage de Vigo, em 15 4️⃣ de março de 1995.

Morales teve um jogo sem gols, durante o torneio, devido à lesão de seu tornozelo, que o 4️⃣ deixou no final da competição.

Em 1998 ele foi relacionado na seleção que participou das eliminatórias das Olimpíadas de Sydney 2000, 4️⃣ mas acabou mal.